菌類は好気性( 酸素が必要 )と嫌気性( 二酸化炭素が必要 ）の2種類に分かれます。
好気性は酸素を吸って呼吸して二酸化炭素を排気します。嫌気性はその逆です。

例えば、焼酎発酵の場合は好気性の酵母発酵系で酸素呼吸が必要です。

米とかイモの培養対象に酸素が負荷出来ないと呼吸排気した二酸化炭素だけになります。
人間と同じで、酸素が少なくなると酸欠、これで発酵は止まります。全く無くなると窒息し菌は死滅します。

酸素を使い切って、排気した二酸化炭素多くなると、今度 は二酸化炭素が好きな嫌気性の菌類に替わります。これは腐敗菌と言われるも のが多く、悪臭や腐りの原因の元になります。
好気性菌類の発酵を即す場合、酸素をドンドン供給してやれば良いのですが、現状は爆気と言われ、金魚の水槽のブクブクしか有りません。これでは飽和量(融け込む限界量)の10％程度しか負荷出来ません。そして時間とエネルギー（電気代）が掛ります。
焼酎カスの様なベトベトな物性のモノは端から 酸素は入りません。